conda安装与配置

最新更新日期：2022/10/24

本文适用于Linux系统，或WSL系统。

下载软件包与安装

Miniconda安装包

• 官方地址：https://docs.conda.io/en/latest/miniconda.html
• 国内镜像站：https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/miniconda

运行以下命令，下载Miniconda的安装包：

wget https://mirrors.sustech.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh

运行以下命令，安装Miniconda：

bash Miniconda3-py38_4.10.3-Linux-x86_64.sh  -b -f 

其中：

• -b参数表示使用无人值守安装方式安装，安装过程无交互式问询。
• -f表示，当安装路径已存在相同名称的文件夹时，强制安装。

安装路径默认为~/miniconda3，如需修改，可以在前述命令基础上添加参数-p /target/path

初始化与配置

1. 安装完后执行下面语句，对conda进行初始化，并取消conda自动启动功能，设置等待网络连接时间

~/miniconda3/bin/conda init
~/miniconda3/bin/conda config --set auto_activate_base false
~/miniconda3/bin/conda config --set remote_read_timeout_secs 300

2. 关闭所有终端界面，并重新打开，以使配置生效，如有必要可以重启计算机。

添加软件频道

常用的conda 频道

• main: conda默认添加的主频道，一般不需要手动添加
• conda-forge: 社区维护的软件conda频道
• bioconda: 生物信息学软件频道
• r: R软件包频道
• free: conda中旧软件包(2017.9.26前)的频道，可能存在兼容性问题，一般用不到

官方源各频道添加方式

conda config --add channels r
conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge

安装Mamba软件（可选）

本步骤非必需，但推荐安装, 可大幅提高使用体验。

Mamba软件是conda命令的替代品，使用并行下载的方式下载源代码，大幅提高软件安装与环境创立的速度。

安装方法：

conda install -y mamba

如果安装时遇到报错，可以多尝试几次安装命令
如果仍然不行，则试下先运行conda clean –all -y，清理缓存，再重试
也可尝试:WSL下首次安装软件无法连接问题解决