基于conda的软件管理

最新更新日期：2022/10/24

利用conda软件进行软件的管理，包括安装，删除，更新与使用。

conda命令的基本格式

conda/mamba subcommand XXX...
#conda/mamba，为主命令，conda是默认管理器，mamba是conda的优化版，本文命令均以mamba为例；
#subcommand，为子命令，例如create为创建环境，install为安装软件等等；
#XXX...，为其他参数，例如 -n 环境名 等等。

常用子命令一览：

子命令	作用	举例
create	创建环境	mamba create -n demo mamba create -n demo samtools
install	安装软件	mamba install -n demo samtools
install	删除软件	mamba remove -n demo samtools
update	更新软件	mamba update -n demo samtools
activate	激活环境	mamba activate demo
deactivate	退出环境	mamba deactivate

创建环境

使用mamba create创建环境：

#创建一个空环境:
mamba create -y -n demo                

也可以使用mamba create在创建环境的同时安装软件

#创建环境并安装软件
mamba create -y -n demo samtools 

安装软件

mamba install安装软件到一个环境中。

#安装软件到已有的环境下
mamba install -y -n demo  samtools 

删除软件

mamba remove -n biotools seqkit 

更新软件

mamba update -n demo samtools 

使用软件

已安装的软件在对应环境下可以直接调用，一般包括三个步骤：1. 先激活环境;2. 使用软件;3. 退出环境。

graph LR;
a(激活软件对应的环境
mamba activate demo) --> b1
b1(使用软件
samtools faidx ...)-->b2(...) --> c(退出环境
mamba deactivate
或直接关闭终端)

应用实例

为了方便理解，以samtools为例，演示软件的安装与使用等过程。

samtools软件是处理序列与比对文件的一款综合软件，本练习借用faidx命令，计算fasta文件的序列长度。

测试文件下载

fasta格式的蛋白质序列文件

wget https://gitee.com/stonehawk/pubSource/raw/master/prot.fa

samtools安装

创建一个名为demo的空环境，同时在环境内安装samtools

mamba create  -y -n demo samtools 

samtools的使用

先激活samtools软件对应的环境：

mamba activate demo

然后，直接输入需要执行的命令：

samtools faidx prot.fa

命令中：

• samtools为命令名，faidx是samtools的子命令，为fasta文件创建索引（index）
• 在结果索引文件的第二列就是序列长度

在fasta的同目录下，会产生 prot.fa.fai文件。可以用Excel或者notepad++等文本编辑器打开文件，查看第二列长度信息。

退出环境

mamba deactivate

删除软件/环境

仅删除软件：

mamba remove -n demo samtools

删除整个环境：

mamba remove -n demo -a

更新samtools软件版本

更新至最新版：

mamba update -n demo samtools

或者通过安装时指定版本号实现：

mamba install -n demo samtools=1.6

如果不知道哪些版本号，可以用

mamba search samtools