公共在线分析软件推荐
| 功能 | 软件名 | 链接 | 备注 | 注册与收费要求 |
|---|---|---|---|---|
| 进化树美化 | iTOL | https://itol.embl.de/ | 注释/美化进化树 推荐 |
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| SRA下载 | SRA Explorer |
https://sra-explorer.info/ | 获取SRA数据下载链接 | 免注册 免费 |
| 热图绘制 | Heatmapper | http://www.heatmapper.ca/expression/ | 交互式绘制热图 推荐 |
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| 韦恩图 | InteractiVenn | http://www.interactivenn.net/ | 可绘制2~6维韦恩图 可交互式获取各交集列表 具有取并集功能 强烈推荐 |
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| 流程图 | Drawio | https://app.diagrams.net/ | 在线绘制流程图，通路图，甘特图等 推荐 |
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| 图片编辑 | Photopea | https://www.photopea.com/ | 专业编辑图片 (位图+矢量图) 在线版高仿Photoshop |
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| 批量亚细胞定位 | wolfpsort | https://wolfpsort.hgc.jp/ | 批量亚细胞定位 | 免注册 免费 |
PlantTech开发的在线分析小工具
| PlantTechAPP | 地址 | 功能 |
|---|---|---|
| pepCalculator | http://shiny.plt.ugeneyun.cn/pepCalculator/ | 蛋白理化性质 |
| circleLink | http://shiny.plt.ugeneyun.cn/circleLink/ | 基因家族复制事件圈图 |
| renameFasta | http://shiny.plt.ugeneyun.cn/renameFasta/ | fasta文件序列重命名 |
| GOrice | http://shiny.plt.ugeneyun.cn/GOrice/ | 水稻GO功能富集 |
| GOmaize | http://shiny.plt.ugeneyun.cn/GOmaize/ | 玉米GO功能富集 |
| GOthaleCress | http://shiny.plt.ugeneyun.cn/GOthaleCress/ | 拟南芥GO功能富集 |
综合类工具
| 软件名称 | 项目地址 | 用途 | 使用手册 |
|---|---|---|---|
| PlantNGSTools | github | 转录组分析工具包 (DEG analysis + enrichment analysis) |
https://blog.ugeneyun.cn/software/PlantNGSTools.manual.html |
| onekeyMap | github | 中国/世界地图绘制 | https://github.com/biomarble/onekeyMap |
| onekeyBulkSeq | github | 一键式BSA分析 | https://github.com/biomarble/onekeyBulkSeq |
| onekeyReseq | github | 一键式重测序流程分析 (Mapping + Variant Calling) |
https://github.com/biomarble/onekeyReseq |
| onekeyBinMap | github | 一键式bin-map连锁图谱分析 | https://github.com/biomarble/onekeyBinMap |
| onekeyGWAS To Be Released |
github | 一键式GWAS | https://github.com/biomarble/onekeyGWAS |
| onekeyLepMap3 Under Development |
github | 一键式LepMap3连锁图谱分析 | https://github.com/biomarble/onekeyLepMap3 |